https://github.com/lazear/sage

02：OpenMS 

OpenMS 是一个基于 C++ 的开源软件库，用于质谱数据处理。它提供了构建蛋白质组学分析流程的基础设施，遵循了FAIR 原则和高可互操作性。

https://openms.de/

03：Skyline 

Skyline是用于建立、分析和定量靶向（SRM/MRM）及非靶向（DIA/DDA）质谱数据的“黄金标准”开源客户端工具。

https://skyline.ms/home/project-begin.view

04：Mokapot

Mokapot是一个用于多肽检测的半监督学习算法（类似于 Percolator），但在 Python 中实现，更具灵活性。它代表了新一代模块化、易于集成的 OSS 工具。

https://github.com/wfondrie/mokapot

05：Percolator 

Percolator是一种基于机器学习（SVM）的算法，用于提高肽段谱图匹配（PSM）的区分度。它是蛋白质组学后处理领域的奠基性工具。

http://percolator.ms/

06：TPP 

TPP是最早且最全面的开源蛋白质组学分析套件之一。它整合了多种工具（如 Comet, PeptideProphet），极大地推动了开放数据标准（如 mzXML/mzML）的发展。

http://tools.proteomecenter.org/wiki/index.php?title=Software:TPP

07：ProteoWizard 

ProteoWizard是一套跨平台的开源工具和库，用于统一质谱数据文件的访问。它是实现 FAIR 原则中“互操作性”的基石，几乎所有现代 OSS 工具都依赖它进行格式转换 (msConvert)。

https://proteowizard.sourceforge.io/

08：SearchGUI 

SearchGUI是一个管理多个搜索引擎（X!Tandem, MS-GF+, Comet 等）的统一接口，而 PeptideShaker 则用于结果的解释和可视化。它们是用户友好型 OSS 的代表。

https://compomics.github.io/projects/searchgui

09：Galaxy Proteomics

是一个基于 Web 的生物医学研究平台。Galaxy Proteomics (Galaxy-P) 项目致力于将蛋白质组学工具集成到该生态系统中，极大降低了复杂分析的使用门槛。

https://galaxyproject.org/use/proteomics/

10：TIMS2Rescore

TIMS2专为 timsTOF 数据设计的开源重打分工具，利用离子淌度（CCS）预测来提高鉴定率。体现了 OSS 快速适应新硬件（如 Bruker timsTOF）的能力。

https://github.com/CompOmics/ms2rescore

11：MS2PIP

一个用于预测肽段碎片离子强度的开源工具，对于构建预测性光谱库和改进搜索结果验证至关重要。

https://github.com/compomics/ms2pip