质谱优化过程中，有以下几个因素经常容易被大家忽略：

1.本底最好还是要跑下，这意味着如果样本是用甲醇稀释的，你就先用甲醇跑下Q1, 如果是50%甲醇，你就用50%甲醇水跑下Q1。毕竟谁也不能保证，目标物优化过程中，看到的母离子也有可能是溶剂引入的(比如溶剂/系统被污染了)。

1. 母离子怎么选，很多人一个联想到的是[M+1]+或者[M-1]-。但这里首先就涉及到M怎么确定：

①.对于不含氯(Cl)和溴(Br)的物质，我们首先要确定：

a. 是不是盐形式，如果有盐的存在，需要把盐的分子量减去；

b. 有水合形式的，需要把水扣除。

②.这里的M指的是精确分子量，不是平均分子量（即我们称重时常用的），所以对于含天然同位素且丰度不可忽略的氯或溴，我们需要重新计算其母离子。

2.母离子除了是M±1外，可以是加钠或者加铵之类的，甚至是[M-18]+(母离子脱水峰）。这些离子对的产生，通常需要与之匹配的DP/Cone。因此我们在采集的过程中，不妨改下这两个参数，看看有没有其他可以解释的母离子。

3.子离子选择时，一般都会避开(母离子-18)的峰，这种典型的脱水峰在实际跑样的时候，基线可能会非常高。子离子一般也不建议特别小的，因为有可能与整个系统背景重合，导致基线升高。

4.子离子与碰撞电压(CE)有关，因此在找子离子时，CE也需要修改。

5.在方法开发初期不妨多找些离子对，后期在实际测试和化合物确定都有很大帮助，简单来说，就是尽可能获得多的信息。

6.对于DP/CE的优化，离子源的温度尽可能开起来(与实际使用保持一致)，在AB仪器优化过程中，发现离子源温度关闭和打开，DP差别很大（开温度的更加真实）。